大昔、この星には竜、妖精、精霊など、多くの種族が生息していた。 それらは互いに助け合い、共存し、繁栄していた。 人類もそれらと共存している種族の1つであった。 しかし、人類は強大な力と悠久を生きる命を持つそれらを恐れ、もしもの場合に対抗すべく、1つの秘術を編み出した。 その名はーー“錬金術” 力を持った人類は、やがて暴走し、遂には「滅ぼされる前に、他の種族を根絶やしにしてしまえ」という思想を持つようになる。 それからとても、とても長い時が経った。 ある地域では水が涸れ。 別の地域では大地が死に、砂は毒となり。 また別の大陸では草木が変質し、空は荒れ、風まで腐った死の大陸となり。 徐々に滅びを迎えているそんな世界で、日本という国の1人の少年が、少女となってしまう。 少女は、自分の体の異変が錬金術によるものであると推測し、錬金術を学び始める。 1にして全、全にして1。 破壊と再生を司り万物を創造するという伝承のある錬金術を通して、少女は少しずつ世界の深淵に触れていく……。