大根フェチである里町幸助は、その日の朝食である大根の味噌汁の大根を眺めに行くため食堂へと乗り込むが、そこには、オレンジ髪をした魔法少女っぽい少女が誰かを探しているのを目撃した。彼女が消え去った後、幸助が見たものは、床で倒れている食堂のおばちゃんと、美しく白い動く二足歩行大根であった。あまりの美しさに鼻血を出しながら大根に聖母大根と名づけたが、その姿はオレンジ髪の少女が探していた、ベジタン星の女神であるラディラシア・メイアーンであった。彼女は幸助に地球を救って欲しいと頼み込む。
彼が驚いている中、人間たちが野菜に変化してしまうという地球生物野菜化計画が開始されてしまい、友人までもがピーマンにされてしまう。幸助は自分も野菜に変えられてしまうのを防ぐのと、女神から大根の彼女をゲットするため、女神からもらったステッキでベジタンスホワイトという魔法少女(ただし女装)に変身して、ステッキの力によりベジタン星を目指す。