日常をこよなく愛する高校二年生、倉崎六花のもとに突如として現れた未確認飛行物体、そして侵略者達。蹂躙される人々と崩れていく日常に混乱する中、目の前で一人の男性が襲われそうなところを助けようとするも、気絶させられ【母船】へと連れていかれてしまう。目覚めると、そこには奇妙な機械で誘拐した人々に何かをする侵略者達の姿があった。そこから命からがら逃げ出した先に入った部屋には、積み上がる機械の数々。奥に隠れようと進むと、そこで一人の人物と出会う。何やら侵略者サイドの研究者らしいが……