ここは科学によって、人間の奥底に眠る異能力(スキル)を引き出すことに成功した世界。しかし、スキルはある程度の素質が必要であり、必ずしも発現するものでは無かった。 科学の進歩とスキルで、この世の中は飛躍的に発展していった。だか、突如としてスキルを悪用し犯罪を多発的に起こすグループ『スキルアウト』と名乗るものが世界中に現れ、多くの死者を出す災厄の日『BLACK DAY』が発生した。 世界政府は、悲劇を繰り返さぬよう対抗策として異能力鎮圧部隊 Incompetence Skill Counter『ISC』を結成した。そして、世界の一定の国に異能力養成都市を決定し、さらなる人材を求めた。 政府に認定された異能力都市の一つ『東京』 で『BLACK DAY』の数少ない生き残りである羽山 明彦と羽山 由希はIFCの部隊の一人、龍宮寺 依網に命を救われ、身寄りの無い2人を引き取ってくれた。 そんな、依綱に憧れ明彦は、東京にある異能力養成学園を入学に入学しIFCになることを目指すが……