第二次世界大戦後、突如『百鬼夜行』と呼ばれる現象によって、宇宙人や異界の存在たちに侵攻された旧・近畿地方。 戦後まもない混乱期を経て、宇宙や異界に繋がるゲートは依然として旧・近畿地方に存在していた。 ゲートを通さず非正規ルートから侵入する者や、異界や宇宙間とのトラブルを取り締まるのは、政府公認の『資格持ち』と呼ばれる人々。 この国家資格も規制が緩和され、事業の民営化と事業の細分化が進んでいた。 そんな旧・神戸で生まれ育った高校生の藤代ダンは、ひょんなことから、異界の虫である『文字禍(もじまが)』駆除のアルバイトとして働くことになり、一筋縄ではいかない人々の中で成長していく。

ピアノの調律師によって、調律中のピアノの中に無理やり引き込まれた十五歳の少女・マキナ。 調律師を振りほどいて辿りついたのは、古代の大国を一夜で滅ぼした“砂の魔女”の伝説が残るへーメラー国。 そこで代筆屋を営む青年・シェンや仲間たちと共に、“砂の魔女”を巡る冒険と戦いに巻き込まれていく。

世界に一つしか存在しない島に住む少年・守護（しゅうご）と幼馴染の亜姫（あき） そんな彼らの前に突如、黒い影のような化け物『ブレイム』が現れ、窮地に立たされるが、 ブレイムを唯一倒すことができる石『錬願石』（れんがんせき）を手にしたことで運命が大きく変わっていく。