牧野彰吾は二日酔いの頭痛に悩まされながら目を覚ますと、自分の部屋とは似てもつかない見知らぬ場所に居た事に気付く。荒廃した部屋であり、何故か自分は機械の身体となっていた。 夢か現実か状況が掴めないまま、突然、銀髪の少女エリナが拳銃を手にしながら壁を突き破って部屋に転がり込んでくる。その後を追うように少女と敵対する自分と似た機械人形。彰吾はエリナと目が合うと、突如として銃口を向けられる羽目となる。 敵対心が剝き出しなエリナと臨時の休戦協定を結び、現在の場所である工場『ファクトリー』から脱出を目指す事となる。お互いに共闘しながら脱出に成功後、どこへ行く当てもない彰吾はエリナへ自分の有用性を説明し、彼女へ連れて行って貰い要塞都市ウィンストンへ到着する。 そこで『PMC』と『コントラクター』の存在と役割を知り、エリナが所属するPMC『クライン民間軍事会社』へ所属する事となる。 傷を癒して新たに依頼を受けたエリナは、山岳地帯での不審な動きをする機械人形を追う事となる。 機械人形を憎しみ破壊する少女と、訳も分からず機械人形の身体になってしまった男性。 不器用ながらも結びつく2人の運命が織りなすSFガンアクション。 を目指しています。