東国軍と三戸浜高校、西国軍と城内高校は刀の国から敵対勢力と見なされ、日本国政府からも裏切られる形になる。 かつての敵と協力して巨大な敵に挑み、生き残る為の最後の戦いが始まる。

東国軍と三戸浜高校、西国軍と城内高校。 御霊機と呼ばれるロボットが自衛隊に制式採用されるかのテストを互いの高校が実戦を行うという形でスタートした。 犠牲を払いながらも谷峨が日々の生活において、少しずつ生徒達の信頼を築いていく。 しかし、谷峨達の知らないところで本国である刀の国では彼等の想いとは裏腹に物事が進んでいく。

並行世界の日本では国が２つに分割されて内戦状態になっていた。 東国軍という軍に所属している谷峨耕助は日本に転移し、内戦を終わらせる為に日本国政府からの技術交流と自らの軍の兵器を日本の自衛隊に制式採用される為に廃校まであと１年の三戸浜高校に侵入して担任に就くことになる。 それは軍事兵器テストの項目で同じように対抗する西国軍と西国軍に協力する高校と戦う為。 三戸浜高校の最後の１年がここから始まる。