終わりの世界で生まれた少女、キル。その少女が、様々な事件をSACSという組織で解決していく。 …その最中、とある事件をきっかけに、少女の歯車は少しずつ狂い始める……

この島には青い桜の木が生えていた。誰も知らないようなそんな場所にひっそりと立つ、1本の桜の木。この木はいつ見に来ても青い桜を咲かせていた。俺、『松野啓介』はそんな隠れスポットに毎日通っていた。俺の目を釘付けにするその桜の光景を見るために通っているのだ。そして俺は今日もその桜に向けて歩を進める。いつもの光景に見とれていると… 「綺麗だよね、この桜」 聞き覚えのない声が、いつもの光景に変化をもたらのであった…