幻想郷で最強だった霊夢。そんな日常に異変の前触れが・・・。外からどんどん侵入者が現れ、中には実力の高い強敵も。最も最強だったはずの霊夢は自分よりも強い存在と関わることに。しかし、あまりにも広大な世界にショックを受けた霊夢は負けじと修行を頑張るが・・・

エージェントとしての仕事をこなす霊夢と魔理沙。最初は新米で少し頼りない部分があったが、立派なエージェントに成長していく。しかし、魔理沙が組織から追放された。成長しきった二人（霊夢と魔理沙）は思いもしない形で再開するのだった・・・。が・・・