現世にはゲートを通して異界から『アノイ』と呼ばれる怪物が侵略してくる。 　現世の人々―ディケルト人たちは海上浮遊型都市ディケルトを拠点として"脳力《アビリティ》"を駆使してアノイと戦闘を繰り広げている。 　かつて『創生記』にて、都市を生み出したとされる姓『龍崎』。 　その直系の子孫である青年―龍崎蓮真は、2年前に起きたアノイの集団襲撃によって辺りを更地と化したことで投獄されていた。 　学園側が新たな『終焉』の予兆を察し、龍崎蓮真を釈放。次なる『終焉』を阻止するべくして、特別部隊―竜穿俊士《ドラグナー》を結成させ、来る大厄災に備えていく。

瀬戸総一と、その隣に住む八色結は現在恋人関係にある。小学生の頃から幼馴染みだった二人を繋いでいたのは、互いの家の窓から窓につながる糸電話だった。二人が恋人になる前のある日、総一は選択を間違え、そこから糸電話は繋がらなくなってしまった。つながった二人が再び切れそうになったとき、糸電話の過去を振り返り、今度は深く互いのことを知るようになる。