時折、天を割って「獣」という天災が降ってくるのが常になった世界。そこでは魔法少女と呼称される少女「殺気院峰」が日夜獣と戦うのが当たり前になっていた。 ある夜、海崎御南斗は死にかけの少女と出会い、図らずとも彼女を助けることとなった。その日から、彼は戦いの渦中に放り込まれることになり、同時に、自身の起源と世界の真理を知る運命と対峙する。

世界の何もかもが機械で賄われた世の中。その世界の基盤を造り上げた科学者の娘「橘京香」の元に、突如として「限りなく人間に近い機械」が送り込まれた。その日を境に、彼女は本当の母の姿を知ることになる。