神奈川県から秋田県へ引っ越して来た少女・灯梨（あかり）。来る前は東北生活に文句を言っていたものの、今ではそれなりに楽しんでいた。そんなある日、大館市で行われるというアメッコ市に家族で出掛けることに。人々の願いが集まるアメッコ市で、少女とワンコに出会い……。

『俺の手は、人を殺すためにあるんだ』（本文から抜粋） 第二次世界大戦終結後、東西に分断されたニホンでは争いが起きていた。それぞれを世界二大勢力であるブルス合衆国・トロワ連合国が支配したからだ。このように、戦争ビジネスだけのために、二国によって世界中で紛争が誘発されている。 少女「金子秋（かねこ・あき）」は、トロワ軍に父を殺されたうえ、その軍事下で殺人兵器となるべく育てられた。ある日、秋はニホン西国に送られ、少年「シュウ」としてＳＢＳ合戦に参戦・勝利するよう任務を言い渡される。ＳＢＳ（特別戦闘学生）制度によって、関ヶ原では三年に一度、東西合戦が行われているのだ。合戦へ向けての訓練所で、シュウは同い年の一般市民である少年少女たちと出会う。友情、恋、対立。さまざまな感情がぶつかり、絆がうまれる。人間（パーソン）であるということはどういう意味なのか。

「鳥になって空を飛びたい。」と告げた親友が、その日の夜に自ら命を断った。それから数年後、大学３年生になった主人公の『清水藍人（しみず・あいと）』は彼と同じように、鳥になることを空を飛ぶことを願った。飛ぼうと決意し走り出す藍人。その時、大学の友人『橋本』から「一緒に飛ぼう。」と声をかけられて……。彼らが目指す『空』とは何なのだろう。