主人公フロウは気が短く破天荒な旅人。フロウは彼の能力である"追跡者"によりつねに感じる"何か"を目指して旅を続けている。 舞台はスワンタウンという街から始まり、フロウはそこで起こっている連続殺人事件の犯人の冤罪をかけられ、牢に入れられてしまう。しかし、彼の追跡はこんなところでは終わらない。