特別な「手」を持つ高校生、竜崎秋汰はある日、「フォトン」と呼ばれる謎の兵器に襲われる。だが、そこへ「防衛軍」の少女、リリー・エルレヴァインが現れ、秋汰を救う。秋汰は「防衛軍」に入る事を決意したが、クラスメートが「フォトン」に襲われ・・・。