ある日、主人公は他人を信じたため、母を失った。 その日以来、主人公は誰も信じなくなった。 それから数年後、主人公は地球で起こった三次事変という大事件から二十年後の世界で、他の世界の探索や国の防衛のための人材を育成する第四GSに入学。 母を殺した黒服への復讐のため石の武器(シュタイン・ヴァフ)を使い強さを追い求める。