奴隷として各地を回り、あるとき拷問趣味を持つ『女』に買われた少年少女達は、日々凄惨な拷問を受け続け、時に励ましあい、時にその命を落とし、毎日を生きることに必死になっていた。 奴隷として買われた少年、アニマは特に『女』に気に入られ、度々その寵愛として死なない程度の拷問を受けながらも、絶望せず生き抜こうと奴隷の日々を過ごす。 ある日、いつものように『女』に連れられ鞭打ちを受けて気を失い、目を開けると『女』がいつもとは違う行為をしているのを目撃する。他の奴隷に薬を与え、なにかの実験をしていたのだ。薬により、奴隷の子がその姿を怪物へと変貌させるのを見てしまい、『女』の目的を理解したアニマは、そこから人生を狂わせる。 これは、人であることを許されない、あるいは人を捨てたものたちによる、影を歩む物語。

気が付くと立花尊は、見知らぬ世界にいた。 彼を含めて三人の少年は、美しい女神の前に立っている。 なにがなにやら分からない三人に、女神はこう告げた。 あなたの世界は、滅びましたと。 これは世界を取り戻すための物語。

世界は二つの勢力によって分かれていた。 魔界と呼ばれる世界の深淵から現れた魔族と、地上世界を支配している人類。この二種族間による争いは激化し、五百年経った今なお続いていた。 世界には魔族の魔術なる技により生み出された魔物が蠢き、魔族は僕として魔物を使役して人類を苦しめ、人は数で押され徐々に劣勢になってきていた。しかし人類側の抵抗も激しく、魔族も決定打を持てずに攻めあぐね、両者は微々たる差を作りつつも拮抗する。 そんないつ終息するとも分からない先の見えない戦乱の時代に、一人の赤ん坊が産声を上げた。赤子の名はアイオン。彼は産まれながらにして、過酷な運命を背負うことになる。 数百年の時を経て、停止していた運命の歯車は彼が誕生したこの時をもって回り始めた。

世界は虫に満ちていた。正確には、ほとんどの人間が虫にしか見えない。そんな高校生である白川喜正は自分の悩みを誰にも打ち明けられない日々を送っていた。 彼の希望は、隣のクラスにいる女生徒だった。唯一彼女だけが、なぜか人間に見える。自分と同じ世界を見ているのではと考え、どうにかして接触しようと悶々と過ごしていた白川だったが……。