いつものように、高校生活を送っていた香草凛は、突然現れたリリア・ハートネットと結婚するはめに。たくさんの人を巻き込んだハチャメチャな高校生活は、どうなっていくのか？

聖剣士として、聖剣クラナドを背負い闇剣士と戦ってきた、ネオ。しかしある日、闇剣士達が、復活した。ネオは、闇剣士を再び壊滅させようと戦うも、彼女マリアンヌを拐われる。さらに、聖剣士は、壊滅的な状況となりネオは聖堂の悪魔と契約し、聖剣士達を守り、マリアンヌの救出に向かう。

とある市立高校に入学したオレ（神崎佑斗）は一緒に入学した親友（皆木勇次）と新たな学校生活を始める。しかし、病に侵されていることを知り市立病院へと入院する。そこで一つの恋をすることになる。果たして、恋の行方は？