千年の歴史を持つ魔境の古都、チギの国に生まれた17歳の少年ミコト。生命体に干渉してその性質を変化させるエネルギー「魔素」を操る魔奏師の末裔である彼は、魔奏師を衰退に追いやった魔装科学に心を奪われる。危険な黒蟲を狩猟して生きる一族の娘や、魔素によって人語を覚えてしまった美猫とともに、衰退の一途を辿る魔奏師の末裔が、チギの人々の生き残りを賭けて、世界の起源に迫っていく。