陰謀の陰舞い踊る、宵闇の帝都。
最高級の知識人である『学術師』の二つ名をもつ青年・レオンハルト・フォーゲルは、その陰謀の只中に巻き込まれ、かつて友と呼んだ男・ヒュウガ・アマギによる軍人としての襲撃を受けた。
同時に、かつて命を救った少女・ミナト・ライドウからも仇と呼ばれ、戦わねばならない苦境に陥ってしまう。
陰謀は暗く、深く、かつて十年前に引き起こされた地獄の惨劇すらも絡み付き、レオンハルトを苦しめていく。
そして彼が、全ての鍵となる先達のランドルフ・カウフマン教授を弾劾した時、その陰謀は帝国全てへと禍いを振りまく悍ましい物へと姿を変えていった……。
戦いの舞台は帝都から国内に散見される遺跡へ。
レオンハルトを仇と呼び、その命を狙ったミナトは、自らの非を認め、そして何より恩人のために命懸けで尽くそうという覚悟を見せた。
かつての友、ヒュウガもまた、友であることに変わりはなく、再会を祝して杯を重ね、そしてまた、共に戦うことを約束してくれた。
同僚の『学術師』、才媛の美女・エレナ・リーマン、さらにレオンハルト自身の謎を飲み込んだままおくびにも出さない、小型の自律稼働コミュニケーションマシン=コム。
彼らもまた、レオンハルトを助け、共に歩んでいく。
教授の足跡を追うたびに姿を見せる秘密結社と謎の人形(ひとがた)。
連中にこの世界を自由にさせる訳にはいかない。
レオンハルトは戦う。自身が巻き込まれた十年前の惨劇、その全てを終わらせるために。
レオンハルトは戦う。自身に秘められた謎を一時でも忘れるために……。