妖魔、それは異形、人ならざるもの。人を喰らい、知識を蓄え、強くなる。普通の人間なら太刀打ちすることすら叶わない化け物。 妖魔に対抗する組織、特務警察科。 幼い頃に両親を目の前で妖魔に殺された主人公、夜屍魁斗（よかばねかいと）は中学を卒業後、高校へ通いながら特務警察科に所属することに…

ある日、突然平凡で平和な日常が一変した。中学生だった主人公、真季波凪（まきなみ　なぎ）の両親は何者かの手によって亡くなってしまう。 『祓い屋』の祖父母に引き取られた凪は両親を殺した者の正体を見つけるため、祖父母の仕事を手伝う。