王国に暮らすウミガメのヒシは一人で海岸に卵を産みに来た。卵がかえるのを楽しみにしていたが、何者かに盗まれてしまう。周囲を見渡して犯人と思しき男たちをみつけるが、足の遅いヒシはその男たちを見失ってしまう。 そんな中、王国で長年沈黙していた防衛兵器〈箱舟〉が隣国の兵団を全滅させてしまう。制御不能の最強兵器〈箱舟〉を破壊しようと王国の乙姫が動き出すが、周囲の大人たちはそれぞれの思惑をもって彼女とは別に動き出す。乙姫は動物と話せる特別な能力を使って箱舟に接近するが、隣国の別部隊の作戦にはまり、大きな犠牲を払う事になる。そんな乙姫をヒシや卵をとった村の若者のレオ達が救出に向かう。破壊されてもよみがえる箱舟は長い年月の中で重要な改造を受けてきたが、その事が乙姫はじめ、グランデレ王を苦しめる事になる。