大地は枯れ、海は黒く。灰が降る、この世界。匂いは血と鉄の無慈悲な匂いだけ。 13号は目覚める。ある女性の記憶だけを持ち合わせて。曇り空か灰の雨雲しかないこの世界には、希望があるのか。彼がなぜこの時代に目覚めたのか。

禍霊汽車に、いつの間にか乗っていた大学生の内村凛乃は、死んだはずの秀流と出会う。

結利大智は、ある日、家出少女で、友達の一個下の高校生、由奈と出会う。そして由奈と大智は、互いのことをどんどん知るようになっていく。