『来たるその時代において、特定の人物一人を英雄にしてはいけない。』 　　　　　　　　　　　　　　――――魔女ハルバートの偉大なる教典 　とある宗教団体が製造した破壊兵器に命を狙われ、怪我をした青年シアオは身を隠す為に移動している途中、虐殺された難民キャラバンを発見し、痛ましい遺体を弔う。 　その最中、どこからか古びた兵器に追いかけられて現れた少女、アカリを助け、成り行きで共に『魔法機構遺跡』へ案内する事に。 　人類が『神』によって滅ぼされかけている世界。存続の為に強引な進化を選び、魔法を手に入れた人類は、積み上げた文明、知識、技術の全てを『図書館』に託した。 　シアオの命を狙う宗教団体と魔女ハルバートの図書館は６世紀に渡る戦争の結末を、シアオに背負わせてしまう。