大地が全て空に浮かぶ世界。 ヘルメトスという小さな国がある。 国民のほとんどが芸術に関した仕事をしているその国で、主人公の少年アポロは王宮に仕える宮廷画家を目指す。 幼少期、作品製作のための刺激を求めて島から出る飛空挺に密かに乗り込んだアポロは、そこで一人の少女と出会った。 彼女の名はククル。ヘルメトス王国の姫である。 それから六年後、ヘルメトスを舞台に物語が動き出す。

職業によって身分が決まる――エスカリエ王国。 金髪の少女アトリィは、その国で魔法の道具を直す仕事をしていた。 魔技師と呼ばれるその職業は現在、王国で最も低い身分だった。 一度下まで身分が墜ちたら二度と這い上がることはできない。 限られた資源、限られた仕事では国に求められるような成果を残すのは不可能に近かった。 誰もが受け入れるしかない酷い現実。だが―― 赤毛の傭兵との出会いをきっかけに、 少女は失った誇りを取り戻すべく歩き出す。

男は死者であり、聴罪記録管理係という仕事をしている。現実世界で人々が神父に懺悔した罪を仕分けるというのが彼の役目だった。そんな男の元に、今日も罪のデータが送信される。

天才女子高生七島緑は、新たに開発したプログラムを主人公の相坂明美に披露する。彼女はＡＩにコナンドイルの小説を学ばせることで、人工的にシャーロックホームズを創った。しかし、そのＡＩには隠された秘密があり……