舞台は現代の東京。 だが、その地下には、誰も知らない諜報機関が存在する。 零機関――それは、存在しないはずの存在たちによって動く“影”の中枢。 ハンドルネーム“nullfox_89”。 高校にも通っていない引きこもりのハッカー、一ノ瀬 雪は、ある日“スカウト”される。 少女暗殺者、冷静な分析官、沈黙の実行者―― 零機関には、表では生きられない“例外”たちが揃っていた。 雪風の目が見つめるのは、国家の欺瞞か、それとも個の再生か。 裏社会×諜報×心理戦。 静かに始まる、影の戦争。