地球上の約95パーセントの海はまだ、未知の領域である。 地上の資源を狩り尽くした人類は、その中でも力を持つ国―五大国―によって、最後のフロンティアである深層の開発自由化を宣言した。 それから何年経ったであろうか―――深層で生まれた少年、コダマが深層と地球の謎に、今挑む。