日本のとある高校に通う少女──ハルは、実の妹である秋菜の事が嫌いだった。憂う日々を送るある日、影に入った者が消えるという謎の災害に見舞われる。影に消えた人は皆の記憶から消されてしまう。被害は段々と広がっていき、遂には日本が滅んでしまった。その後、避難所で細々と暮らしていたハルと秋菜は、同じ同居人である真冬と奈津美に、大阪には影に怯える必要の無い安全な地下都市があるという都市伝説を教えられる。真冬達はその都市伝説を検証しに行くつもりらしく、ハルと秋奈を旅に誘った。死に場所を考える程まで追い詰められていたハルと秋菜は、どうせ死ぬならと、その２人の旅に付いていく事にしたのだった。