過去に名を馳せた陰陽師の家系に生まれた少年・櫛名田景明は、通学中の電車内で突如発生した謎の怪奇現象に巻き込まれ、異世界『バシレイア』へと迷い込む。 見知らぬ場所、人々を守る使命、そして信頼と裏切り。霧の中から現れた黒い兵隊——『グランデリニア帝国』の兵士達に捕らえられた景明は、エルフや獣人の子供達と共に、帝国の奴隷兵士として戦場に送り込まれる。 やがて、疲弊した戦局を打開する為の兵器——「超人兵士計画」の一員として選ばれ、景明は呪われた神格を宿すことになる。 神格兵『ネフィリム』として敵味方に恐れられる存在となった景明は、それでもなお、「人として」生きる意味を探し続ける——。