人の姿でありながら奇異な術『異能』を操り、そして世界に発展をもたらした種族【魔女】 彼らの持つ強大な力は人間たちを栄光に導いたことで賞賛され、そして同時に畏怖されていた… ー統合歴224年。 世界大陸を突如として襲った未曾有の大洪水が巻き起こると、人間はこれを口実に、魔女への迫害を始めた。 やがて、魔女の血を引く者を捕らえ、奴隷として収容施設に売り渡す『魔女狩り』が大陸中に溢れると、生き残った魔女たちは海の奥へと逃げることを余儀なくされていた。 そんな中、奴隷として収容施設に囚われていた記憶喪失の魔女の少女、讃岐帝杏果は、友人の遊雛黒葉と共に魔女が平和に暮らせる世界を取り戻すため、海の奥へと逃げた魔女を捕らえる『海賊狩り』をしている魔女の女、奏森四方木に協力し、船旅をすることとなった。 しかし、そんな四方木にも実は真の目的があり… 強大な力を持つゆえに人間から迫害を受ける魔女の少女が、自由を取り戻すために世界を旅し、そして失われた『真実』へと辿り着いていく。