西暦２１００年。 地球温暖化が深刻化し氷の大地は溶け海面水位は上昇。国土を失った弱小国と未だ広大な大地を持つ強大国の間では国際問題が起き、その結果人類は三度目の世界大戦へと突入する。 国力の差は大きく誰もが強大国の勝利を確信していたそんな最中、一つの弱小国が天使と言われる未知の存在の亡骸からとある物質を発見した。 それは『アルス』。 研究の末、弱小国はアルスに適合する子供達への人体投与に成功。『アルスチルドレン』と呼ばれる子供達は異能の力である『権能』を操り強大国を蹂躙。 戦争は弱小国連合の勝利で幕を閉じ、アルスチルドレンは英雄として崇められ世界は平和へと向かった。 そしてその戦争から１００年が経ち、平和になった神国二ホンに住むアルスチルドレンの少女、花宮サクラは世界に７つしかない『神立』の名を冠す最高峰の学校、神立アルフィアス高等学校へと入学を果たす。 サクラは突如消えた親友レイが学園に居ることに気付き彼女を探すために進学したものの、本人の意図しない様々なことに巻き込まれていく。