主人公の女子大生、佐藤菜々子は、ある日突然、周囲の人々が動かなくなるという不思議な現象に遭遇する。彼女自身は動けるため、不思議に思いつつも、この能力を利用して様々な場面に介入するようになる。 そんな中、ある事件に巻き込まれた菜々子は、自分が「時間を止めることができる」という能力を持っていることに気づく。それは、彼女が子供の頃に両親を事故で失ってから、自分が時を止めることで両親を救うことができるのではないかという思いから生まれた力だった。 菜々子は、この能力を使いながら、自分を取り巻く不可解な事件や謎に立ち向かっていく。そして、彼女の力を求める者たちが現れ、彼女自身も危機に陥るが、最後には自分自身の過去と向き合い、決断を下すことになる。

運命の糸によって繋がれた若い魔法使いたちが、神秘的な人形たちと共に運命を操る戦いに挑む。魔法使いの少女たちは、糸を操る力を持つ人形たち「運命の織姫たち」の力を借り、運命の悪意に対抗する。しかし、彼女たちが直面する試練は、運命の糸の絡み合った陰謀と真実を探ることになる。

ソウタが異世界の神秘学園ノワールに迷い込む。そこでミユキやゲンザ、ユウメイと出会い、学園生活が始まる。