女子高生の三枝愛はぶよぶよとした謎の生物を見ることができる体質だった。その生物の一体である弟のユウと共に、人間を食うその化け物を退治する生活を送っていた。 そんな時、同じくその怪物を使役する人間に出会った。彼の紹介でとある組織に入り、活動していくが、哀しみの連鎖に襲われることとなる。

主人公、卜部櫛稲(うらべくしな)は京都精霊女子高に通う薙刀部の2年生である。ひょんなことから祇園大明神の加護を受けた彼女は、旧支配者と呼ばれる存在から地球を守る戦いへと身を投じる羽目になった。