物語は、「東京失踪事件」後の日本へと私たちを導きます。主人公の誠抵抗（中学生時代に異世界に夢中だった中二病の少年）は、現在の日本の首都（横浜）に住んでおり、そこで学校に通うことになります。生徒の能力に応じてA（最高）からF（最悪）まで階層化された国費のエリート学校（横浜紋章学園） A ～この教室の生徒たちは天才であり、エリート中のエリートであり、最高の者は超人の限界に達し、イレギュラーは常にこの教室に入る～ B ～天才と天賦の才能の限界は（完璧でなければ）不可能な中間地点だ～ C ～天賦の才能を持つ学生や、運と努力のおかげで合格したベストを尽くす人々、才能を持つ特別な人々～ D ～ほとんどの平均な生徒がこの教室に入るが、才能を伸ばしたり、努力次第で遠くまで行ける生徒もいる。～ E ～平均的な成績の普通の人～ F ～幸運で入学した者達と、才能はあるが問題児達の最低最悪の底辺集団～ 多くの努力、幸運、そして隠れた才能のおかげで、誠はBの教室にたどり着き、そこでクラスメイトが別の世界の人々であること、そして高校時代の自分の妄想がそれほど空想的なものではなかったことに気づきます。 誠は高校三年間を過ごす中で、異世界の超常現象の背後にある陰謀や地政学的利権などに巻き込まれていくことになる。