探偵、凸守龍太郎は世捨て人のような生活を続けていた。そんな凸守の元に、小鳥遊小鳥という依頼人が訪れる。小鳥の依頼は、家を出たまま戻らない婚約者の「佐藤一郎」を探すこと。最初は断る凸守だったが、佐藤は家を出る前に「僕は神さまが設計ミスした人間。生きていてはいけないのかもしれない」という謎の言葉を残していたことを知る。奇しくもそれは、自殺した凸守の妻、羊が言っていた言葉と同じものだった。妻がなぜ自殺したのか？その原因がわかるかもしれないとかすかな希望を抱き、依頼を引き受けることにした凸守。まず手始めに佐藤の職場に行き、調査を進めていく。すると佐藤のステータスには、ある不審な点があることに気がつく。なんと「固有の眷属は一人につき一体」という理に反し、佐藤は複数の眷属を所有しているようなのだ。どうにか佐藤を見つけ出すものの、今度は依頼人である小鳥が誘拐されてしまう。彼女を拐った犯人は高橋と名乗る男で、目的は佐藤の眷属「神威属性　大蛇」を奪うこと。佐藤を守るために奮闘する凸守だったが、高橋の眷属の前に苦戦を強いられる。結果、佐藤の命と引き換えに勝利することができたが、凸守の元には次々と「八咫烏」という組織の刺客がやって来るのだった。やがて凸守は、国家がひた隠しにしてきた「天津神計画」に巻き込まれていき、衝撃の事実を知ることになる。

模型店で祖父と暮らす主人公の沙羅。お得意さんのところへ配達に行こうと自宅を出た途端、怪しげな光に包まれる。目覚めるとそこは異世界だった。イケメン魂師、双樹とバディを組むことになった沙羅は、現世に帰るため「如来」を目指し奮闘する。さまざまな任務をこなしていくうちに、互いを意識し合うようになる。だが、二人には時空を超えた因縁があり、それはやがて沙羅と双樹の関係に大きく関わってくることに。

絶世の美女なのに、性格はブスな此花咲夜。毎度のごとく横柄な振る舞いをしていると、『黒鶫』と名乗る男が現れる。『黒鶫』は神の寿命が近いこと。新たな神が玉座に辿り着くまでの七十七日間、この世は不浄に汚染されるため、それを浄化するのが『月詠の聖女』である咲夜の役目であると告げるのだった。どうやらこの世の命運は咲夜が握っているようだが、当人には自覚がなく勝手気ままな日々を過ごす。だが、数少ない理解者である侍女の天音や籠目、そして小伊之助が抱えるトラブルを解決していくうちに、次第に聖女としての能力を開花していき──