遥か昔、名もなき村で、小さな戦いが行われた。 　長い月日の後、ゼフィールドは旅から帰国した。王族でもある彼は、母親のいる城へ向かった。国王(おじいちゃん)が誘拐された。そう聞かされ、彼は、実家のある街へと帰った。その夜、気配で目を覚ますと、そこには、遠い昔、人形にされた少女、ヴィンセントがいたのだった。街での爆発騒ぎと彼女の頼みで城へ向かう。城では、同じように人形にされたシルキーと戦い、事件が解決した。 　その後、事件の調査を依頼される。場所が、ヴィンセントの村であると解り、目指すことに。途中、同じように人形にされたエルクが加わるが、黒騎士の襲撃を受ける。村へ到着し、村長の家に向うと、当時の村長が住んでいたのであった。四体の人形＝巫女も揃い、翌日村を調査する。 　調査の最中、シルキーと黒騎士が現れる。祀りが開始された。祀りとは、巫女同士が戦い、最後に生き残った者に、守り神の力が集まるというものだ。シルキーはヴィンセントたち、黒騎士はゼフィールドとの戦いとなる。黒騎士が彼の友人、レズギンカと判明する。力の暴走により、反転した巫女の力がシルキーに集まる。だが、戦うことを望まないゼフィールドたち。本気を出させるため一度消えるシルキーたち。 　シルキーたちの動向を予感した彼らは、城へ戻る。そこでは、母と祖父が人質に取られていた。遥か昔の戦いを思い起こすような戦いの最中、レズギンカが祖父の兄の孫と判明し、ゼフィールドの神の力が覚醒する。彼女の望みは祖父と父の敵討ちだった。一方、シルキーは、ヴィンセントを除く巫女を倒すが、その力をヴィンセントに譲り、戦闘となる。その戦いを止めたのが、祖父だった。彼女が祖父と父が生きていると知ると戦意喪失する。そこへ全ての元凶である使い魔が現れ、彼女の力を吸収する。だが、ゼフィールドは使い魔を撃退する。しかし、ヴィンセントはシルキーと相討ちとなり、その命を散らすのであった。

日本が大陸からの侵略により、九州圏における防衛権を放棄せざるを得ない状況となった。 オリンピックイヤーとの兼ね合いで休戦状態となったが、日本政府は、直ちに事態を打開するために、ＣＳＡ（アメリカ連合）の協力の元、新型の機動兵器の開発を行う。その開発を担ったナナイ工業は、量産を前提とした機体の試作機をロールアウトさせた。それに対し、他の企業が一社独占では不公平であると訴え、コンペティションが開始されることが決定する。 物語は、開発が完了した機体と他企業が開発した機体とのコンペティション直前から始まる。 主人公たちは、普通の高校生。女子が夏休み中は吹奏楽部の合宿、練習のため、遊ぶことができなくなるため、夏休み前に遊びに出かけたところ、コンペティション会場となる場所に踏み入れてしまう。一方、ナナイ工業のスタッフは、テストパイロットとして宇宙植民地より降下させた3人が、食中毒により動けなくなることが判明する。そんなときに、高校生の侵入がわかり、現場は混乱する。 拘束した4人のうち、3名が宇宙のいずれかの場所での出生だと判明する。パイロット特性があると判断したスタッフは、半ば泣き落としという形で出撃をお願いする。 数時間というシミュレーションだけで出撃した彼らは、機体が持つ能力と自信らが持つ適性により、コンペティションを勝ち抜く。 コンペティションが終わったが、軍の機密を知ってしまった彼らは、機密を守るために拘束されるか、テストパイロットとしてナナイ工業に協力するかの選択を迫られる。 そして、彼らは、ナナイ工業のテストパイロット、および、日本軍特別試験部隊として日本軍に協力することを選んだのであった。