舞台： 外界から隔絶された山間の全寮制超エリート校「私立星霜館学園」。難関大学進学実績を誇る表向きの下には、「特異な才能を持つ生徒」を集め研究するという闇の目的があった。学園の象徴は、巨大な天体観測装置「星位儀」を備えた塔「星霜館」である。 主人公： 観乃 透（みの とおる） - 高校2年生。 極度に無口で目立たないことを信条とするが、物や空間に残された過去の出来事の「痕跡」を視覚的に感知する「幻視」能力を持つ。この能力は疲労と混乱をもたらすため、ひた隠して生きてきた。学園には自身の能力の起源を探るため入った。 事件の発端： ある深夜、星霜館最上階の「星位儀」が突如、凄まじい轟音と共に暴走、大破する。同時に、学園随一の天才で星位儀のメンテナンス権限を持つ高校3年生・暁 玲音（あかつき れいね）が忽然と消えた。現場は封鎖され、管理AI「オルカヌス」と実質的な学園支配者・副校長 黒鉄 宗一郎（くろがね そういちろう）は「事故と転校」と発表し調査を拒否する。