主人公の一ノ瀬　京（けい）は、ある日能力と呼ばれる特殊な力に目覚める。能力が発現した彼は、研究者（サイエンサー）と呼ばれる仲間と共に、負研究者（マッドサイエンサー）と呼ばれる敵との戦いに身を投じることになる。その過程で彼は自身の失った記憶や、過酷な運命と対峙することになるのだった。