現実に神は居ない、少なくとも我々の見えるところにはいない。では、もし本当に神が実在し、人に代わって政治を行うとしたらどうなるのだろうか？その御声を聞いた私たち人間は、どうするべきなのだろうか？ 時は江戸、京都の外れに住む少年翠は神を信じない『変わり者』だった。その時代、日ノ本の人々のほとんどが信じる『蒼教』は国内において絶大な支持を集めていた。 ある日、銀の船が京都に落ちた。その船から現れた1人の少女は『神』を名乗った。その少女は『蒼教』の信仰する神『蒼様』だった。 その少女の降臨により、日ノ本と、翠の運命は、大きく変わる事となる…