天の竜が神として崇められ、竜の力によって魔法が使われている世界。 その北の国ルーンに二人の公子がいた。 名前はディーンとカイト。 賢者によってこの二人を託された王弟シド・ヴァーンは、その居城で大切にこの双子の男児を育てる。 しかし、まだ幼いうちから、天竜の転生者としての力を発揮し、その敵対者と戦うことが運命づけられていた……

　時代は江戸の中期、京都にほど近い「土生村」に生まれ育った一人の人物がいた。 　彼は厳格な剣豪の祖父に育てられ、密かに誓願を立てていた。そして自ら祖父を斬って村を出奔し、都で「首斬鬼」と呼ばれる辻斬りになった。 　次々と人を殺めながら同心たちから見事に逃げおおせる首斬鬼の前に、錦と名乗る男が現れる。 　初めて自分の剣技が通じない男と出会った首斬鬼は、錦に殺し屋の一人として雇われ、その屋敷に住むことになったが……

大陸で最大の外殻都市——通称「殻都(シェロム)」——新北京市に住む少年九頭竜彌果(くずりゅうみか)」。 双子の妹・瑠果(るか)を愛し、親の愛情に飢える彼の元に父親が来た。 父は彼を新東京市——通称「巨都(メガロ)」——に連れてゆき、そこで新しい母親となるイユイと引き合わせる。 イユイに愛する妹・瑠果と共通するものを感じ取った彌果は、すぐに彼女を気に入り、新しい生活を受け入れようとするのだが……

カルバドス王国第一王子ローランドの婚約者であるレイア・ティアブレイドは、十七歳の晩餐会の日に、若くして死んだ日本人女性であった前世を思い出し、怒りに震える。 前世の彼女は男運が悲惨なほど悪く、様々な男たちから蹂躙され、酷い目に遭わされ続けていた。 その記憶によって、突如、極端な男嫌いになってしまったレイアは、ローランド王子との婚約を破棄すると叫んで晩餐会から逃げ出してしまう。 そんな彼女を待つ運命はーー

　九頭竜彌果(くずりゅうみか)は、態度が悪いためにＣクラスに振り分けられてしまった天才児。 　同級生のアガサとマギと三人まとめて「三羽鴉(トリオ・コルボ)」と呼ばれているが、この二人の親密さからは少し浮いている。 　純血種(ピュア)の人間は「絶対領域(アブソリュート)」と呼ばれるシステムで身体を保護されているが、彌果はやがて、人間という種の秘密に迫ることになる。