2035年の夏、高校2年生の曽我天多の平凡な日常は突如として終わりを迎えた。 それは当たり前の日常、当たり前に訪れたある日の夜。正体不明の化け物「ファントム」に襲撃されたことを境に3つの組織の戦いに巻き込まれる。 ファントムを使役する白いローブを纏ったある人物を崇める集団「信徒」 世界を維持し平和のために戦う、超常の力「ギフト」を扱う組織「アイギス」 異類異形の存在から日本を守るために暗躍する機関「ユスティス」 絶体絶命の危機に直面した曽我天多は、信頼する親友のダニー・マルコフに助けられたことにより一命をとりとめるが、突如として謎の頭痛に襲われたことによりなぜか忘れていた今は亡き妹を思い出す。 天多は、妹のような凄惨な事件を二度と起こさないために、ダニーが所属するユスティスの第07部隊「アナグラ」の一員として戦いへと身を投じてゆく。 ダニーの正体がアイギスの秘匿部隊「シークレットオーダー」から送り込まれたスパイにして、"妹の仇"であるとも知らずに……。