第二次世界大戦以降、100人に1人の確率で15歳以上の少女たちが超自然的な力を発現する現象が世界各地で確認された。
静岡県静岡市出身の二次元オタクで快活な少女、草薙ひまり（くさなぎひまり）16歳は剣を顕現させる【スキル】を扱うことができ自分の力に自信を持っていたが、クラスの成績発表であまり成績が振るわず落ち込んでいた。
気分転換に沼津の海沿いを歩いていると、海から世界でも滅ぼせそうな力を持つ少女、スノウが現れた！
もう終わりだと思っているともう一人空から少女が現れ、スノウと戦闘し始める。彼女の名前をサファイアという。
サファイアとの出会いがひまりの人生を大きく変えることになる。
