ある日、主人公はなぜか湖底に落ちてしまう。そこで出会った少女に導かれ、まるで違う世界の入り口"アクアトピア"へと足を踏み入れる。 水の都"水京"で水の精霊から学んだことは、この国に迫る大災害の脅威だった。巨大な"水渦の魔物"が暴れ出し、全てを破壊しようとしていた。 主人公は魔物を倒すため、旅立つことを決意。波を操る魔術師に師事し、水の魔法を修得する。氷の迷宮、潮汐の聖地、川の国、泉の妖精など、さまざまな場所を巡り、次々と新たな力を手に入れていく。 やがて満ち潮の夜、海月の祭壇にて魔物との運命の一戦が始まる。しかし主人公を待ち受けていたのは、自らの過去の記憶だった。 全ての力を解き放ち、主人公は仲間とともに魔物に挑む!果たして、アクアトピアの平和は取り戻せるのか? 水の国の冒険に満ちた物語が今、幕を開ける――。