期末テストと学園祭が差し迫った六月の半ば、内気な少年、南條陣太は学内の有名人である八木沼梨沙に彼女の悪口を聞かれてしまう。品行方正だが陣太にだけ意地悪な彼女に好き勝手にされながら、二人の学校生活は忙しなく進んでいく。

質量を持ったプログラムが現実世界に降り立ってから十年になろうとしていた。 リアグラムと呼ばれる手法が確立し、≪２．５次元≫と呼ばれる時代、次代の電脳技師（ハッカー）を育成することを目的としている電脳学園高校に通う一年生の加持彩人は、帰国子女を自称する曲者の三年生、黒須圭吾と出会う。 これまでアメリカで様々な事件を解決してきたという黒須が現在請け負っている案件というのが、暴走し、失踪したプログラムの回収。研究者だった彩人の父は、彼が幼い頃に研究中の事故によって亡くなったが、最期に携わっていた研究プロジェクトがそのプログラムの作成だったという。

生徒会長の特命で秘密の探偵業を営む井波春樹は、変わり映えのない日常を潤してくれる変わり者を傍観することを趣味としている。そんな彼だがある時から悪魔に取り憑かれ、捜査を進めるにつれてオカルトめいた非日常に飲み込まれていく。

藁にもすがる思いで、空耳にもとれる声に助けを求めた。願いが通じたのか、電車に轢かれる寸前で俺の意識は暗転するのだが、目覚めた先で行われていたのは、直後に死ぬ運命を背負った人間達による、生還を賭けた心理ゲームだった。

　僕の地元には、音群さんという女の子の妖怪についての昔話が言い伝えられている。その音群さんが、突然僕の下宿先に現れた。

彼は諦めきれなかった。けれど、模造品で心の隙間を埋められなかった。

ワンルームのアパートで酒を呑み、いつの間にか眠ってしまっていた男の前に現れたのは、見ず知らずの小学生くらいの女の子だった。

結局のところ、人間は愛に渇望しているのかもしれません。だから茶目っ気を傘にして、他人に訴えているのだとすれば――少し理屈っぽくなりそうですね。でも理屈では説明できなくても大事なものはあると、彼女に教えられましたから。だから言及するのはやめておきます。

貴方の怖いものは何ですか？　彼女の怖いものは躾けのなっていない猛犬とその飼い主でした。