時は応仁の大乱から三十年。 鏡の社（かがみのやしろ）に伝わる古文書によって警告されていた大厄災、この世の終焉を意味する恐ろしき事態が現実のものとなった。宮司の親子は特別な精霊を持つ少女と、戦で郷を失った精鋭の忍び達と共に、この世を守る為、大厄災に挑む事となる。