両親を失い、叔父と共に静かに暮らしていた少年リオは、叔父が重い病に倒れたことをきっかけに、伝説の天空の城「エルドラシア」に秘められた竜の力を求めて旅立つことを決意する。途中で若き魔法使いエルナや戦士ガロと出会い、彼らと共に冒険を続けるリオは、様々な試練を乗り越えながら天空の城を目指す。 天空の城で竜の試練を受け、竜使いとしての力を得たリオは、叔父を救うための秘宝を手に入れる。しかし、その力を悪用しようとする敵との戦いが待ち受けていた。リオたちは激しい戦いを繰り広げ、ついに敵を打ち破る。 叔父を救い、平和な日常に戻ったリオたちだったが、彼らの冒険はまだ終わっていない。新たな挑戦が彼らを待っているのだった。