2050年　日本　銅山跡から発掘されたエネルギーを放つ結晶によって科学技術はますます進歩していった。しかし、そのエネルギーによって「歪み」が生じてしまった。「歪み」から出てくる国籍不明の武装集団や製造元不明の戦闘用ドロイドの脅威に脅かされていた。そんな中、そんな脅威から人々を守るべく「プロジェクトwabe」が始動する。ある日突然起こった大きな歪みから生じたドロイドたちによる首都圏侵攻事件でも、首都圏壊滅という甚大な被害を出しながらも、ドロイドたちを退けた。 そして、首都圏と同じぐらいのキャパシティがあり、太平洋に浮かぶ未来都市「未来都」をたった2日で築き上げた。 主人公の入江　渓人(いりえ　けいと)はドロイド首都圏侵攻事件の時に、「プロジェクトwabe」の隊員の1人に助けられる。それから、「プロジェクトwabe」に参加することとなる。