宇宙のどこかにある星ダイチュウ星。 そこではダイチュウ人という、かつて地球に存在した恐竜が独自の進化を遂げた住人が暮らしている。 その一人である少年ズーケンはある日、突如夢に現れた亡き祖父から、謎のアイテムダイナ装備を集めるよう頼まれる。そしてそれが、ダイチュウ星全土を賭けた、ズーケンにとっての優しさと思いやりの答えを見つける戦いの始まりとなる。

マニヨウジとの戦いからおよそ一ヶ月。 平和を取り戻し、いつも通りの変わらない日常に戻った筈のズーケンだったが、彼の中である異変が起きていた。 その異変は、後の彼の人生に大きく左右するものだった…。 そんな中、ある日ズーケン一家はラ―ケンの墓参りの帰りに寄ったショッピングモールで、霊能力者の女と二人の僧侶に出会う。 この出会いが後に、ズーケンを、その友人達を再びマニヨウジとの戦いへ招くことになる。