高校3年生の主人公は、家庭内の問題から逃れるため、学校の周りを歩きながら勉強していた。ある日、友人の皐月から都市伝説について聞かされる。その都市伝説は、夜遅くに不審者に遭遇し、奇妙な質問をされるというものだった。皐月自身もその不審者に遭遇し、SCP財団の名刺を渡されたという。 その夜、主人公は家庭内暴力に耐えかねて家を出る。商店街でスーツ姿の女性、中村に声をかけられ、皐月が見せたのと同じ名刺を渡される。中村は「SCP財団」の一員であり、異常存在を確保、収容、保護する組織の一員だという。 主人公はその後、奇妙な体験をする。中村に再び遭遇し、異常存在に襲われるが、気がつくと再び放課後の自転車置き場に戻っていた。まるで時間が巻き戻されたかのように感じるが、現実のような悪夢の中で再び日常に戻る。 しかし、再び目覚めると、見知らぬ場所で手錠をかけられている。中村が現れ、ここがSCP財団の日本支部であることを告げる。主人公には全てを忘れるか、財団の職員になるかの選択肢が与えられる。