双子の一方を交通事故でなくした中学生の崎森澪。父の仕事の関係で、海に近い小さな町に引っ越し、転校してきた。母親は亡くなった双子の梓と気が合う母娘だったので、梓の死後前のような気力がない。澪はときおり自分の方が死ねばよかったのか、と思うことがある。 澪の同級生、守生リョウは、小さいころから「そこにはないものの精」が見える少年だった。リョウは、転校してきた澪の背後に澪とそっくりな少女の姿を見ていぶかしく思っている。リョウは、昔からこの町の海の社を守る家に生まれつき、未婚でリョウを産んだ母は早くに亡くなって、そのせいか、リョウは祖父（母の父）に疎まれていると感じながら大きくなった。 夏休みの宿題としてこの町のことを調べようとした澪とリョウは、海の社で出会う。 一方、時代をはるかに遡ったこの町。藤原不比等はこの町にやってきて、玉藻という美しい海女の娘との間に子どもをつくった。玉藻は実は海の龍神の娘で、海の中から不比等を見て恋するようになったのだった。 このふたりの話は町の人魚伝説として、子ども向けの昔話になっている。 そして、リョウの家が守る海の社には、人魚の墓と呼ばれる場所があった。 海の底では、竜王がなくした娘にかわる後継を求めて、リョウを竜宮へ連れてこようとしていた。リョウの母は、かつて海を泳いでいて海の命を飲み込んでしまったためにリョウを身ごもったのだ。 龍の社で、リョウと澪、そして人魚の玉藻と梓の霊、不比等と玉藻の間に生まれた藤原房前らが竜王と対峙する。 かつて玉藻の許嫁でありながら、彼女が不比等のもとに行くままにさせた和仁はリョウが人間界にとどまることを竜王に進言する。 この後、澪は次第に自分が生きていっても大丈夫だと思えるようになっていく。リョウも祖父との間の関係が少し変わったのを感じている。

霜村涼は偏差値の高い進学校に通う高校一年生。ある日、サッカーボールが頭に当たってから彼の視界がときおりぶれるようになった。 涼が入っている塾で、新しい英語教材が導入された。フェイスディスプレイをかぶって、英語しか通じない仮想世界へ留学できるというものだ。それを初めて使った晩、涼が仮想世界の中にある扉を開けると、そこは暗い雨の路地だった。 その路地は、涼の世界のパラレルワールドにつながっていた。 そこは、小惑星が地球に衝突して気候が変動し、人々も多数亡くなり、生き残った人間たちが共同生活をしている世界だった。涼は、そこでパラレルワールドの同級生、野見山碧に出会う。 毎晩英語教材の仮想世界からパラレルワールドに行くうち、涼は自分の住む世界の不条理や生きづらさに気づいていく。 パラレルワールドのミドリのことから、涼は現実世界の碧とも親しくなっていく。 涼には兄がいた。兄の洸は反抗的で素行不良と言われ、高校二年のときに更生キャンプに送られている。両親は兄のことを口に出そうとはしない。涼は、兄が反抗した理由や兄の生き方について考え始める。 高校で窓から飛び降りて自死した生徒があり、学校は教室の窓に鉄格子をつける決定をする。それに反対する生徒たちが体育館で集会を開くが、教師たちに暴力で鎮圧される。優等生だった涼は停学をくらい、級長からもおろされる。父は激怒し、母は泣く。しかし、この騒動で涼はひとりの教師と知り合い、そこから兄へとつながることができた。兄は更生キャンプを出て、社会を変えていきたいと思う仲間たちのもとで暮らしていた。 春。涼は兄に会いにいく。現実世界の碧は海外へ行くことを決めていた。 高校二年になった涼のまわりの世界は、これまでとはあまり変わらないように見える。けれど、涼の内には変わったものがある。やがて大きく跳ぶための助走を、涼ははじめたところなのだ。

　梧桐（ごどう）は東の都の風の司のもとで学んでいる少年。彼は、生き物や植物、そして星が好きで、風の司の弟子になった。生き物好きが高じて、親から見捨てられた翔斗（しょうと）という小鳥のひなを育てている。梧桐は都のはずれにある高い塔で星を観察していて、天の動きが習っている書物と違うところがあるのではないか、と疑問を持った。そして、星の観察をしているときに出会った慧という娘と親しくなっていく。慧は看護の仕事をしながらひとり暮らしをしている。 　風の司は、博物学や天文学をおさめ、天候の予想をしたり、災害の被害をおさえるための役割を担っている。都には、則の司を中心に、司たちの会議が定期的に開かれている。 　都のはずれには、超能力を持つ不思議な人々が住む「砦」と呼ばれる場所がある。砦の人々は、超能力を持っているが故に追放され、小惑星で暮らすことを余儀なくされた人々で、その小惑星の危機に際して全員で脱出し、この世界に来ることになったのだった。彼らは休眠を繰り返し、砦で暮らす者と、遠い北の海に沈めた宇宙船の中で眠る者とが交替している。 　その中に、ビューという名の少年がいた。彼は抜きん出た超能力を持っていたが、体が弱く、砦の中だけで暮らしていた。彼は、砦の近くに小鳥と共にしばしばやってくる梧桐に関心を持ち、いつしか友情のようなものを抱くようになる。 　都の則の司は、賢く、冷静な男だった。彼の出自に砦の人間がかかわっていることに気づいたのもビューだった。そして、慧もまた砦と関わる人物だった。 　砦の人々はこの世界からまた旅立つことになる。司会議との話し合いの場で、梧桐が疑問に思った星の運行の真実が明らかになる。 　やがて砦の人々が去り、痕跡を残さぬように砦は崩れた。梧桐は、自分がいつもそこに登って空を見ていた塔の天井に、星空を描こうと決めた。

　ひとつの小惑星があった。 　そこは、超能力を持つ人々の住む星だった。母星の長い歴史の中で超能力者が迫害を受けた時代に、彼らはその小惑星に「流された」のだった。 　長い間に小惑星の軌道が歪み始め、やがて母星に衝突することが明らかになったとき、彼らはふるさと小惑星を破壊してほかの星に移り住むことを決めた。そのとき、一の長と呼ばれる指導者の意識が宇宙に取り残されてしまった。 　里砂は、幼いころ北の村の海辺で拾われた子どだった。彼女は村の細工師の娘として育てられた。細工師の家には、父と母、そして浜で里砂を見つけた兄の草矢がいる。 　この世界の人々はほとんどが砂色の髪をしている。里砂は黒髪だった。黒髪の人々も少数ではあるがおり、そういう人の中には不思議な力を持つ者があると言われていた。 　里砂は、ある晩秋の夕方、浜に倒れていたひとりの少年を見つける。彼は行きがかり上細工師の家に運び込まれ、手当てを受けることになった。少年は黒い髪をしていた。 　少年、カイは元気になり、彼の素性も語られる。カイは、自分で「この世界の人間ではない」と言う。彼の住んでいた星で災厄が起こり、その際の事故で彼は宇宙へ投げ出された。そのとき、彼の意識に寄り添ってきた何かがあったけれど、カイはそれがなんだかわからない。 　村の行事、冬ごもりの祭りを経て、里砂とカイは惹かれあっていく。 　 　村の「則の司（のりのつかさ）」は、黒髪の男で、時々そこにないものを見通すことができた。彼は、自分の頭に映った風景から、カイがもとの世界に帰るための方法は東の都にある、と考え、それをカイに伝えた。 　春になり、車に商品を積んで売り歩く「渡り人」とともにカイは東の都に旅立つことになった。カイとの思いを父に知られた里砂は、彼に会わないよう家に閉じ込められている。一方、二人の思いを大事にしたいと思っている兄草矢は、次第に妹として接していた里砂に対する自分の気持に気づいていく。 　里砂は家出してカイのあとを追い、彼らのあとを草矢が追う。 　 　やがて辿り着いた東の都で、皆は里砂の出自を知ることになり、カイは自分の世界に戻る手段を見つける。そして、里砂もまた自分の本当の気持を知ることになる。