緑深い山あいにある鶏石神社。そこで巫女を務める月代ほのかは、高齢の祖父に代わり、静かで穏やかな日々を送っていた。 ある朝、いつものように境内の掃除を始めたほのかは、神社のニワトリたちが妙に静かなことに気づく。訝しみながら鶏小屋に近づくと、そこには白布一枚をまとった見慣れない少女が立っていた。 「わたし、コッコ！ 今日から人間コケ！」 元気いっぱいにそう名乗る少女は、なんと神社で飼われていたニワトリの「コッコ」が人間の姿になったのだという。 こうして、おっとりした巫女のほのかと、元気いっぱいで少し（かなり？）変わった元ニワトリの少女コッコの、騒がしくも心温まる神社での共同生活が、突然始まることになった。

世界樹が息づく広大な森エルドラの奥深く。光を司る一族の末裔である若き竜リリは、一族の過去と向き合うための孤独な試練の日々を送っていた。人間との関わりを禁じられながらも、外の世界への憧れと好奇心を胸に秘める彼女は、ある日、森の中で打ち捨てられた人間の赤ん坊を発見する。 衰弱し、泥に汚れたその赤子は、しかし、生まれたばかりとは思えぬ不思議なほど理知的で、静かな観察者の瞳をしていた。迷いながらも、見捨てることができなかったリリは、"ユウ"と名付け（られることになる）その赤ん坊を自身の住処へ連れ帰り、献身的に世話を始める。 言葉も通じず、種族も異なる、銀翼の竜と秘密を抱えた赤ん坊。世界樹の囁きと風の歌が響く森で始まった二人の奇妙な共同生活は、やがて静かに動き出す世界の大きな流れと、忘れられた古の盟約へと繋がっていく――。これは、孤独な竜と異質な魂を持つ赤ん坊が、唯一無二の絆を育み、自らの運命を切り開いていく物語。

南極の氷上で、縄張り争いに敗れて深手を負った一匹狼のヒョウアザラシ、ロン。プライドを砕かれ、動けぬ体と空腹に苦しむ彼の前に、群れからはぐれた幼いアデリーペンギン（ペペ）が現れる。 本来なら格好の獲物だが、ロンは動けない。一方、ペペは天敵であるはずのロンを恐れるどころか、好奇心から近づき、毛繕いのような仕草を見せたり、捕まえた魚を分け与えようとしたりする。ロンはプライドからそれを拒絶するが、ペペは健気にロンのそばを離れず、奇妙な数日間が過ぎていく。 そんな中、ペペが凶暴なカモメに襲われる。当初は傍観していたロンだが、ペペの悲鳴を聞き、衝動的にカモメを追い払ってしまう。「俺の獲物だ」と叫びながらも、自身の行動に戸惑い、ペンギンへの不可解な感情に気づき始める。 やがてロンの傷は癒え、海に戻る時が来る。絶対的な捕食者シャチの影も迫る中、ロンは目の前のペペを食べるべきか葛藤する。しかし、結局ペペを襲うことなく海へ入り、ペペもまた仲間を追って海へと去っていく。 再び孤独な狩りの日常に戻ったロン。空腹を満たすため大海原を進む彼の胸には、あの小さなペンギンとの忘れがたい記憶と、南極の厳しさの中にも存在する予測不能な温かさが、確かに刻み込まれていた。

王都の下町で「なんでも屋」を営むリディアは、実は人間の少女の姿をしたドラゴン。その力を人助けに使い、お菓子やガラクタを報酬にもらいながら、住民に愛されている。ある日、王立研究所から危険な霊峰での希少鉱石「星屑の石」採取を依頼される。冒険に胸を躍らせ、ドラゴンの姿で難なく任務を完了。報酬のお菓子とガラスのガラクタに満足し、大きな力よりも、人々の笑顔と下町でのささやかな日常に幸せを見出すのだった。